衣原体感染初期又多以无症状为特征，临床潜在性后果严重，正因为衣原体对生育存在种种影响，近年来，各地不孕不育科将衣原体检测列为病因排查常规项目，配偶两边一方查出衣原体感染，另一方也应同查，并应两边一起医治。

在女人，衣原体感染以宫颈内膜炎最常见，表现为化脓性宫颈炎，其炎症改变包含上皮化生、修正与核异型等，呈现以白带增多为主要症状的临床表现，可伴有症状不太显着的外阴瘙痒。临床可见宫颈充血、水肿、黏液脓陛分泌物、触摸性出血，使精子穿行宫颈困难，导致宫颈性不孕，但有自限性。如感染继续上行可导致子宫内膜炎、急慢性输卵管炎，构成输卵管结构损坏，生殖腔道炎症、粘连、积水或堵塞，引发子宫、输卵管性不孕，或官外孕、天然流产、早产等。前期天然流产可能与衣原体感染后，子宫内膜损害或胎儿抗原所形成的的免疫反响有关。急性输卵管炎约50%.由衣原体感染所引起，且在输卵管内的感染多可继续存在。输卵管梗阻的代妈半数以上有衣原体感染史。国外一份比照研讨显现，衣原体感染组不孕率高达71.4%，而对照组仅为27.4%。衣原体感染巴氏腺还可引起女人巴氏腺炎，感染尿殖道可引起尿道炎，约l/2的患者可呈现尿急、尿频和轻度排尿困难等，并可有少数的尿道分泌物。穗承提醒与淋病性尿道炎有所不同的是，衣原体感染引起的尿道炎一般没有典型的尿痛症状，即使有尿痛，感觉也适当细微。代代妈感染衣原体，其新生儿在阴道临产时，可患眼结膜炎或衣原体肺炎。

在男性，衣原体可侵略前列腺，导致急慢性前列腺炎，精液白细胞增多，白细胞>l×104/ml者占90%；白细胞吞噬精子，激活免疫系统，可发生抗精子抗体，使精浆抗精子抗体阳性率显着升高；侵略附睾，可呈现急慢性附睾炎或无症状性附睾炎，附睾静纤毛缺失，区域性附睾上皮细胞胞膜决裂，胞质成分外溢，附睾管腔中充溢膜性剩余物，如构成单侧附睾堵塞，可呈现少精子症，双侧附睾堵塞，可呈现少或无精子症；侵人睾丸曲细精管，曲精小管基膜损坏或缺失，可直接影响精子发生与老练，导致精子变形可高达88%，胞浆剩余体量增多，顶体与核别离，精子膜破损、缺失或线粒体的损坏，表现为精子活率、生机、穿透力及形状不同程度的影响。电镜发现，衣原体的原体不只能够吸附在精子外表，影响精子生机，并且可穿人精子头、体、尾各部，在精子内部构成始体并很多繁衍，直接构成精子膜和顶体的损坏，影响精子运动而下降男性生育能力。衣原体对睾丸和附睾的这种损坏性效果与男性不育有直接关系。