引起胎儿畸形的原因很多，但临床发现65%的胎儿畸形并没有找到真正的原因。所以做好怀孕前的准备工作，不要盲目怀孕，做到有准备、有计划的怀孕，可以有效降低胎儿致畸概率。
年龄因素
夫妇双方年龄增加，尤其高龄夫妇，其精子、卵子的质量下降，染色体容易发生突变，胎儿畸形的风险增加。
大龄代妈准备怀孕前要做好孕前检查，当发现有疾病的时候，要尽早地把疾病治愈。怀孕的前几个月就要开始服用叶酸。孕期要重视检查！保持良好的情绪！
滥用药物
药物对胎儿的致畸作用最敏感时期是怀孕3个月之内。在这段时间里，如果在器官细胞合成分化过程中受到药物干扰，就会造成胎儿器官畸形。一个时期内用一种药物可引起多个器官畸形，也可能多种药物共同导致一种畸形。并不是说代妈孕期完全不能吃药，有一部分的药物对于宝宝来说是安全的。在怀孕的时候吃药的话，一定要询问一下医生的意见。
遗传因素
是指来自父母亲的遗传物质的异常而造成畸形。如：父母染色体异常、父母携带突变基因等。有时也是因受精卵自身发生了染色体分离异常或基因突变。或是近亲结婚时，由于夫妻双方携带相同异常基因而导致风险扩大，让某些隐性遗传病的发病率显著增加。一定要重视孕前、孕期检查，近亲不宜结婚或生育。
浓妆艳抹
据美国一项调查表明，天天浓妆艳抹者胎儿畸形的发生率是不涂浓妆者的1.25倍。主要是化妆品中含的砷、铅、汞等有毒物质被代妈的皮肤和黏膜吸收后，可透过血胎屏障，进入胎儿血循环，影响胎儿的正常发育。其次是化妆品中的一些成分，经阳光中的紫外线照射后产生有致畸作用的芳香胺类化合物质。化妆品应选择品质得到确保配料安全，选用纯天然其特性较为柔和的产品为佳。避开使用重金属激素类化妆品。淡妆适宜。
烟酒、情绪
吸烟喝酒也会影响胎儿发育，严重的还会导致胎儿畸形。如果代妈饮酒胎儿致畸率极高。而且酒精综合征患儿会多处畸形、发育迟缓及智力低下，因此孕期尤其早孕期应绝对忌酒。代妈在怀孕期间也要保持良好心情，因代妈生气或是情绪紧张时，肾上腺皮质激素释放增加，并通过胎盘影响胎儿发育，可造成胎儿唇裂或腭裂等畸形。
穗承提醒准备怀孕前就应该戒烟戒酒，怀孕后代妈也应该尽量少接触二手烟、三手烟。孕期要控制情绪，要生气时尝试转移一下关注点，另外，家人特别是丈夫要照顾好代妈的情绪。
疾病及病毒感染
在怀孕期间如果感染了某些微生物，例如风疹、巨细胞、单纯疱疹、弓形虫、梅毒，或者是患有甲状腺功能低下、亢进、血糖过高等疾病时，很有可能会导致胎儿畸形甚至流产。主要是先天性心脏病、神经管畸形、唇腭裂等。代妈孕前就有一些慢性疾病的，怀孕后要告知医生，如有异常，及时就诊。
营养缺乏
代妈偏食、挑食、厌食等造成的营养不良，会导致各种维生素或者微量元素的缺乏，而引发神经管畸形等多种畸形的发生。胎儿生长发育所需营养均来自代妈，因此孕期一定要保证营养充足。建议备代代妈们至少在孕前3个月服用叶酸，至妊娠3个月防范未然。补充营养要适当均衡，不可盲目补充，以防体重增长过快，产后难以恢复。也以防胎儿过大，到时难以分娩。
放射线的影响
放射线早孕期胎儿吸收的放射线剂量超过5rad时，胎儿畸形的风险会明显增加。
建议代妈朋友接受X光检查时，一定要注意自己是不是怀孕了，然后听从医生的指导。孕期多出去走走，散散心。
环境、噪音污染
妊娠期间代妈过多地接触有毒有害物质，化学剂某些药物可导致胎儿畸形，尤其是在早孕期时。另外重金属（汞、铅等）城市汽车尾气、噪音等也会增加胎儿畸形的风险。
怀孕期间，尽可能的远离有害物质，装修新房时，也因注意油漆的安全指数。胎宝宝基本上在怀孕半年的时候就已经能够听到外界的声音了，所以准代妈千万要远离噪音，多聆听一些轻快抒情地音乐，平时也可以跟宝宝进行一些对话。