代妈内分泌失调
精子卵子受精以后，受精卵必须得到内分泌激素的支持才能正常生长发育。孕酮分泌不足，会导致子宫内膜分泌准备不足，妨碍孕卵植入。
染色体异常，夫妻双方都有可能
精子异常，受精卵发育不良
精子质量存在问题，如精子畸形率高、精子活力低、精子凝集重等，程度严重时会导致不孕，但如果刚好在临界点，勉强能受孕，但受精卵的质量会大打折扣，通过选择性淘汰，也会发生自然流产。
流产很大一部分原因是由于胎儿染色体异常造成的。如果夫妻一方或双方存在染色体异常，就有可能通过遗传导致胎儿染色体异常从而引发流产停育。穗承提醒孕前夫妻双方染色体检查是非常有必要的。
母体微生物感染
原虫，细菌、沙眼衣原体、支原体、梅毒螺旋体、淋球菌等病原微生物，可以造成子宫内膜感染和宫内感染，引起自然流产。
精卵老化，胚胎发育不良
精子过久的“养精蓄锐”、卵子随着代妈年龄增大都会使二者出现老化，导致胚胎的发育不良。所以，适龄适时而孕，也是优生的关键。
母体免疫异常
免疫因素是习惯性流产的重要因素，其中常见的有母体缺乏封闭抗体，母体存在抗心磷脂抗体以及母子血型不合等，要积极查找原因并及时有效治疗应对。
母体生殖器官畸形，胎儿生长受限
子宫畸形、子宫肌瘤、子宫纵膈、子宫颈内口松弛及宫腔粘连等，都会影响胎儿正常发育而导致着床障碍和早期自然流产。
环境因素
电离辐射、高温环境、噪声污染、频繁接触生殖毒性物质等等都会间接或者直接的影响到胚胎胎儿的正常发育，发生流产、停育、早产、胎儿畸形等。